Появление на политической карте мира двух новых государств, Абхазии и Южной Осетии, обострило в очередной раз и существовавшие до того церковные вопросы. Так, Священный синод Русской православной церкви на своем последнем заседании отрицательно отнесся к просьбе южноосетинских и абхазских христиан о приеме их под юрисдикцию РПЦ МП. Члены Священного синода в очередной раз подтвердили, что считают Южную Осетию и Абхазию де-юре канонической территорией Грузинской православной церкви. Однако де-факто в Цхинвале и Сухуме местное священство и верующие еще с 1992 года отказались подчиняться Тбилиси, и вряд ли эта ситуация в ближайшие десятилетия может как-то измениться. Вот так и вышло, что церковные границы в очередной раз не совпали с государственными. Актуальность межконфессиональные споры подобного рода приобрели после распада Советского Союза. Пока был жив СССР, каноническая территория РПЦ МП совпадала с государственными границами. Церкви, с одной стороны, не давали распространять свое влияние больше намеченного постановлениями ЦК КПСС, но, с другой стороны, никакая другая конфессия не могла претендовать на какое-либо участие в религиозной жизни советского общества. Однако с появлением на мировой карте новых стран монополия Русской православной церкви оказалась разрушенной. Первым "прорвало" на Украине, где в начале 90-х годов ряд местных иерархов в противовес Московской Патриархии объявили о создании Украинской православной церкви Киевского Патриархата. Вслед за Киевом церковные проблемы обострились в Южной Осетии и Абхазии, Эстонии, Молдавии и Приднестровье. Наиболее остро политический фактор отразился на Южной Осетии. Вооруженная грузинская агрессия против этой республики, предпринятая в 1992 году, привела к тому, что местное духовенство переподчинило себя юрисдикции Русской православной церкви Заграницей (РПЦЗ), что не было признано ни Тбилиси, ни Москвой. После того как в 2005 году РПЦЗ и РПЦ МП объявили о предстоящем объединении, перед южноосетинскими иереями встал вопрос выбора юрисдикции. Был найден временный выход: на территории Южной Осетии появилась Аланская епархия, подчиняющаяся непризнанной Греческой истинно-православной (старостильной) церкви. На сегодня внутри самой республики положение Аланской епархии является устойчивым. Она официально признана властями республики и имеет государственную регистрацию. Подписано специальное соглашение, в котором государство взяло на себя обязательство содействовать ее становлению. Однако отсутствие признания со стороны православных церквей как Греческой истинно-православной (старостильной) церкви, так и ее Аланской епархии, фактически, делает из южноосетинских христиан маргиналов. Пока что видятся два выхода из сложившейся ситуации. Либо Московский Патриархат примет Аланскую епархию под свою юрисдикцию, либо Константинопольский Патриархат признает, наконец-то, греков-старостильников. Однако что первое решение, что второе ни Москва, ни Константинополь не могут принять без сотрудничества друг с другом, поскольку попытки односторонних действий неизбежно приведут к осложнениям в Эстонии и на Украине, где эти две крупнейшие церкви имеют свои интересы.